Die 3-E muss es mit einem geheimnisvollen Gegner aufnehmen, der ihr ein Ultimatum stellt, um Koro-sensei habhaft zu werden.
Nach ihrem spektakulären Erfolg bei den Abschlussprüfungen des ersten Trimesters, der den eingebildeten Genies der A-Klasse einen ordentlichen Dämpfer verpasst hat, wird es für Nagisa und seine Mitschüler wieder Zeit, sich auf das Wesentliche zu konzentrieren. Und das bedeutet natürlich, Koro-sensei die Tentakel langzuziehen, was während des Aufenthalts der 3-E auf Okinawa gelingen soll. Für Sommer, Sonne und Strand bleibt nicht viel Zeit, denn die Klasse hat den bisher ambitioniertesten Plan ausgeheckt, um ihren Lehrer endlich zu killen. Im letzten Moment allerdings holt der noch ein geheimes Ass aus dem Ärmel, das ihn jedoch für 24 Stunden in seiner eigenen Schutzatmosphäre belässt.
Gefangen in einer undurchdringbaren Kugel kann er seinen Schützlingen daher nur beratend beistehen, als diese mit einer besonders perfiden Erpressung konfrontiert werden. Wie sich nach dem beinahe gelungenen Attentat auf Koro-sensei herausgestellt hat, sind mehrere Mitglieder der Klasse vergiftet worden. Ein Anrufer verlangt von den Schülern, sich zu einem von Sicherheitspersonal nur so wimmelnden Hotel zu begeben, um das Gegengift zu erhalten. Im Tausch für Koro-sensei, denn der Unbekannte weiß von dem Kopfgeld, das auf den oktopusartigen Lehrer ausgesetzt ist, und scheint alle Trümpfe in der Hand zu haben.
In den letzten fünf Folgen von "Assassination Classroom" bekommt die 3-E allerlei Möglichkeiten, ihr bisher erworbenes Wissen in Sachen Attentate und Kampftechniken zu demonstrieren. Der finale Showdown ist erwartungsgemäß ihm vorbehalten, aber mehrere von Nagisas Kollegen bringen sich ebenfalls ein und bestätigen den Eindruck, dass es sich bei dieser Serie um eine liebenswerte und kurzweilige Motivationshilfe nicht nur für jüngere Semester handelt. Lediglich der Humor kommt diesmal spürbar kurz, was ganz klar dem Handicap von Koro-sensei geschuldet ist. Ein Manko, das die zweite Staffel aber sicherlich ausbügeln kann…
