Trotz ihres erfolgreichen Kampfs gegen die mysteriöse Organisation From Beyond sind alle Superhelden in Japan von der Polizei verhaftet worden, nachdem ihr Tun für illegal erklärt worden ist. Der Premierminister, der seine Beliebtheitswerte durch das Offenlegen eines angeblichen Komplotts der Flamengers gegen die Regierung ordentlich steigern konnte, leitet höchstpersönlich die Jagd auf den letzten Vigilanten, der noch in Freiheit ist: Samurai Flamenco. Mit der Hilfe seiner Freunde und Verbündeten gelingt es diesem jedoch, den Premier zu stellen und zu besiegen.
Wie sich nun aber herausstellt, hatte er versucht, das harte Durchgreifen gegen die Flamengers nur dazu zu nutzen, seinen durch Popularitätswerte mit Energie versorgten Kampfanzug auf volle Stärke zu bringen, um Alien Flamenco zu besiegen. Der versteckte sich nämlich unter der Maske des amerikanischen Helden Mr. Justice und schwebt mit einem gigantischen Raumschiff herbei, um Japan einzunehmen, was ihm aber durch den ungebrochenen Willen von Masayoshi nicht gelingt. Dann kehrt Ruhe auf der Erde ein, die Verbrechensrate sinkt, die Polizei hat wenig zu tun, die Zeit für Helden und somit für Samurai Flamenco scheint vorbei – bis ein unscheinbarer Junge zu seiner persönlichen Nemesis avancieren will.
Hatte die Entscheidungsschlacht gegen From Beyond und die Anti-Vigilanten-Politik der Regierung gerade eben noch den Anschein erweckt, dass das letzte Viertel von "Samurai Flamenco" wieder geerdet daherkommt, schlägt die Story mit dem Auftreten von Alien Flamenco erneut einen cleveren Haken und erklärt dabei noch mehrere ausstehende Fragen, die unserem Helden gar auf dem Mond beantwortet werden. Richtig emotional und fein inszeniert gerät dann aber noch der Abschluss der Serie, bei dem sowohl das Schicksal von Masayoshis Freundin Goto als auch das, was Samurai Flamenco trotz allen Heldenmuts noch fehlt, thematisiert wird.
