Zen Seizakis Glauben an die Gerechtigkeit wird auf die Probe gestellt, als sein Kollege Fumio unerwartet aus dem Leben scheidet.
Gemeinsam mit ihm hatte der engagierte Staatsanwalt einen Skandal um geschönte Forschungsergebnisse zugunsten eines neuen Medikaments, das beim vorgeblichen Selbstmord eines in die Causa verwickelten Professors zum Einsatz kam, untersucht. Zen kann nicht glauben, dass es sich auch hier um Suizid handeln soll, schließlich hängen beide Vorfälle mit den laufenden Korruptionsermittlungen in höchsten Kreisen zusammen. In Form von Shiniki konstituiert sich unterdessen ein Experimentierfeld für eigene Gesetze. Der zunächst als chancenlos erachtete Jungpolitiker Kaika Itsuki gewinnt die Wahlen für diesen neuen, von Tokyo unabhängigen Stadtteil, da er insgeheim von seinen Konkurrenten unterstützt wird. Dieses schmutzige Spiel ist für den nach Gerechtigkeit strebenden Zen nicht leicht zu akzeptieren, auf Weisung seines Vorgesetzten fügte er sich aber und intensiviert die Suche nach einer ganz besonderen Verdächtigen.
Ai Megase, so ihr Name, rückt ins Zentrum der Aufmerksamkeit, da sie sowohl in den verdeckten Stimmengewinn für Itsuki verwickelt ist als auch Kontakt zu Fumio und dem Professor hatte. Man kann sie aufspüren, als ihr aber sogar die Flucht während eines Verhörs gelingt, wird aber augenscheinlich, dass sie die Gabe zu besitzen scheint, die Herren der Schöpfung nach ihrer Pfeife tanzen zu lassen. Als Meisterin der Tarnung sorgt die brandgefährliche Frau schließlich für weitere dramatische Verluste in den Reihen ihrer Häscher. Während Zen als Konsequenz daraus die Grenze zwischen Beruf und persönlicher Vendetta überschreitet, machen auch die Befürworter des Rechts auf Selbstmord nicht Halt: Shiniki soll lediglich der Beginn eines neuen Gesellschaftsmodells für die ganze Welt werden.
Die unter der Regie von Kiyotaka Suzuki ("Psycho-Pass 2") entstandene Adaption der Romanvorlage von Mado Nozaki präsentiert sich als packende Verquickung eines Politkrimis mit dem Thrill rund um eine Femme fatale, die eine ganz eigene Vorstellung von Gut und Böse pflegt. "Babylon" macht der biblischen Referenz seines Titels alle Ehre und überrascht an mehreren Stellen der insgesamt zwölf Episoden, nicht zuletzt durch die in der zweiten Hälfte unternommenen philosophischen Betrachtungen, die das keineswegs nur in Japan stets präsente Problem des gewählten Freitods und seiner Bedeutung für eine nach höchstmöglicher Liberalität in allen Lebensbereichen strebende Gesellschaft aufgreift. Einer der faszinierendsten Animes der letzten Jahre, der seine Zuschauer auf mehreren Ebenen herausfordert.